Der FC Altdorf nimmt mit 11 Mannschaften am Juniorinnen und Junioren Meisterschaftsbetrieb des Innerschweizer Fussballverband teil. Zusätzlich bietet der FCA für die ganz Kleinen eine Fussballschule, welche sich im Frühling und Herbst einmal wöchentlich zum Training trifft.
A-Junioren
1. Stärkeklasse
Trainer: Tobias Schilter, Rony Arnold
B-Junioren
3. Stärkeklasse
Trainer: Fabio Schelbert, Marcel Rauch, Marcel Waser, Charly Schleiss, Dmytryo Gryshchenko, Simionov Slavisha
Ca-Junioren
1. Stärkeklasse
Trainer: Remo Arnold, Stefan Arnold
FF-19 Team Uri
Gruppe 1
Trainer: Daniel Schibli, Joelle Schibli
Cb-Junioren
3. Stärkeklasse
Trainer: Christian Schilter, Alexandra Meier, Tobias Kempf
Team Altdorf/Flüelen
2. Stärkeklasse
Trainer: Charly Schleiss, Kamel Della
Da-Junioren
1. Stärkeklasse
Trainer: Roman Jauch, Fabrizio Russi, Lukas Baumann
Db-Junioren
3. Stärkeklasse
Trainer: David Gisler, Lucas Alfermann
Ea-Junioren
1. Stärkeklasse
Trainer: Kristijan Djurovac, Noah Tresch, David Jehle
Eb-Junioren
2. Stärkeklasse
Trainer: Vince Bakula, Vangelis Kostas, Danijel Covic, Ron Muoser, Brian Epp
Ec-Junioren
3. Stärkeklasse
Trainer: Lars Herger, Laurin Gisler, Mina Labib, Valantis Kanelidis
F-Junioren
1. Stärkeklasse
Trainer: Pascal Odermatt, Andre Gnos
F-Junioren
2. Stärkeklasse
Trainer: Yunus, Yaramis, Patrick Gnos
F-Junioren
3. Stärkeklasse
Trainer: Noel Arnold, Konstantin Vasile
F-Junioren
3. Stärkeklasse
Trainer: Evgeni Iliev, Jonah Simmen
F-Junioren
3, Stärkeklasse
Trainer: Ismaele Marchiano